style.css - это файл стилей.
Попробуйте переименовать его и посмотреть справку. Файл стилей станет невидим и справка использует стандартный внутренний стиль. Файл намерянно содержит противоположный стиль, чтобы эффектно понять его работу.

Почему в комплекте всё равно 2 версии, белая и чёрная? Это связано с рисунками, на данный момент они смотрятся неподходяще, поэтому для Black-темы можно сделать свои вариации стилей, а для White-темы - свои.

Чем полезен этот файл - style.css? Теперь можно задать не только свой цвет, но и изменить шрифт (например моноширинный), размер шрифта, и т.д. В общем всё что связано с отображением контента, таблицы, блоки, отступы. Можно изменить стиль примеров так, как он отображается в редакторе SciTE.