Вставляется так же как старые версии или другие программы.
1. Можно при каждой загрузке устанавливать плагин.
2. Можно установить и проверить изменения в реестре и в файлах и импортировать эти данные в сборку.
Чем отличаются портабельные от непортабельных? Портабельные не пишут данные в реестр? Если вам это не доставляет боли (запись в реестр), то соответственно используйте любой вариант.